Conda是版本控制和生信工具安装的一大神器。Conda是在Windows，macOS和Linux上运行的开源软件管理系统和环境管理系统。Conda可以快速安装，运行和更新软件包及其依赖的环境与工具。Conda可以轻松地在本地计算机上的环境中创建，保存，加载和切换。它是为Python程序创建的，但可以适用于任何语言的软件。

如果你在安装生物信息学工具之前遇到过依赖性问题，Conda会轻而易举解决这一问题。此外，Conda使安装和使用不兼容的工具变更加容易。因为它可以创建不同的虚拟环境，使得不兼容的工具在相对独立的环境中运行，两者之间不冲突、不打架。

Anaconda 是Conda的发行的一个安装包。它是一个数据科学平台，其中包含许多软件包。

Miniconda 是Conda的最小安装程序。可以看作是小型版本的Anaconda，仅包含Conda，Python，它们依赖的软件包以及少量其他有用的软件包，包括pip，zlib和其他一些软件包。一般生信分析人员认为，该版本即可满足日常需要。

Bioconda 是conda生物信息学软件的托管平台。Conda通道只是存储软件包的位置。但Bioconda管道上提供了使用最广泛的生物信息工具，该工具托管了超过6,000多种生物信息包。

conda的默认环境是base环境。不建议在同一环境中安装所有软件包/工具，以免软件版本或运行环境冲突。使用Conda，你可以为某个项目或者某个分析创建一个独特隔离的环境。换个意思，所谓的环境就是一组可在一个或多个项目中使用的软件包。

此处以Anaconda为例：

以下三种配置方式，选取一个来源的频道配置即可，重复配置频道会造成冗余，降低软件安装速度。

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